嘉義大學農學院目前設有農藝學系、園藝學系、森林暨自然資源學系、木質材料與設計學系、動物科學系、農業生物科技學系、景觀學系及植物醫學系8個學系、1個博士學位學程、1個全英碩士學位學程、1個農學碩士在職專班、1個農場管理進修學士學位學程以及農業推廣中心、園藝技藝中心、動物試驗場3個附屬單位，具有堅實的教學研究基礎，接軌智慧發展的動能，推動永續農業現代化之願景，創造綠色經濟之無限可能。

農藝學系
傳承農專時期務實之優良傳統及田間實務經驗，結合「食農」和「食安」概念，建構成一套循序漸進的作物栽培管理暨優質育種的人才培育計畫。在各類課程中安排相關專家學者、系友或業界專家進行演講及座談，同時安排校外參訪研習活動，經由實際接觸深化激發學生學習潛力。在兼顧生產、生活和生態的永續農業經營理念下，促進地方農業產業文化創新，永續經營及安全農產品的生產發展，並達成地方發展特色及永續農業經營之目標。

園藝學系
座落於國內園藝產業重心的雲嘉南平原，具發展園藝產業的地理優勢，教學研究除配合國內外園藝產業之發展脈動，亦肩負雲嘉南平原地區園藝產業發展之重責，人才培育以園藝產業、育種、園產品處理、生物技術、都市農業、有機農業、造園景觀及植栽維護人才為目標，學生須參加校外實習與完成實務專題研究，並鼓勵師生到業界實習或與國外短期交換生，以配合未來農業發展與社會需求。本系有柑橘、鳳梨、紅龍果、菇類、洋桔梗、蘭花及造園景觀研究團隊，並與政府、研究機構和產業界合作，提供技術、服務與輔導診斷等園藝事業推廣服務。

森林暨自然資源學系
為國內歷史最久之林業專業科系，校友們遍布全臺各林業機關，為臺灣林業與自然保育做出重大的貢獻。課程分為經營、育林、生態三大領域：包括水土保持學、水文學、森林及自然資源經營學、資源遙測學、樹藝學、都市林業、林政學、森林遊樂經營管理、林業試驗設計、水環境污染防治與評估、育林學、森林保護學、林木生理學、遺傳學、森林土壤學、林木菌根、生物多樣性概論、植群調查與分析、樹木學、顯花植物分類學、野生動物學、國家公園經營管理等。健康的森林環境是國家的重要資產，而培養學生成為專業人才，使其具備森林專業知識，認識國家林業政策、保護國土資源、維持環境生態平衡，造福社會是我們的使命與未來。

木質材料與設計學系
主要研究如何善用天然木材資源，在兼顧科技與環保理念下，應用於家具設計製造、造紙技術、保健、生活用品、室內設計裝修、木質創意產品設計製造及室內外建築環境等，著重「木質材料的科學研究與木質產品設計」，以培養綠色科技與設計製造產業人才，並結合固碳、減碳的環保政策，以符合SDGs世界潮流。

動物科學系
教學宗旨為培育理論與實務能力兼具之動物科學專業人才，以期縮小學生畢業進入業界之學用落差。為達此目標，除了課堂上專業知識講授，本學系擁有設施完善之動物試驗場，含乳牛場、肉牛場、羊場、蛋雞舍、肉雞舍、水禽舍及汙水處理廠，可提供學生實習各種經濟動物之飼養管理；本學系也設有動物產品研發推廣中心，學生在此可以學到各種動物產品（如乳、肉、蛋品）之加工製造及檢驗技術。

農業生物科技學系
教學研究著重於整合分子生物、生物技術和農業科技等知識，培育農業生物科技人才。培養學生具生命和農業科學素養，深入的分子生物學和生物技術知識，具有整合生物科技、作物科學、實驗動物和微生物等跨領域能力，並應用生物技術於農業之創意研究。生物技術於農業之應用，包括了植物與微生物之互動關係、動物生理與疫苗的研究、以及綠色/永續環境。並探索生命的構成與奧妙，了解生命的組成與意義，探索遺傳密碼的構造、生命的繁衍、動植物的生理奧秘，想要了解更多嗎?歡迎加入農業生物科技學系的大家庭。

景觀學系
即歐美各國通稱之景觀建築學系(Department of Landscape Architecture)，它是一門高度科技整合之學科，其目的在追求創造人與環境間之和諧，訓練實質環境規劃及設計之長才，使人類的生活環境無論都市或鄉村都能更加舒適化、有機化與綠美化。其相關學科包括環境規劃、生態保育、公園綠地與開放空間設計、遊憩區規劃開發設計、都市設計、庭園設計、建築、土木、園藝、經濟、社會與心理等。其他諸如園藝、生態、建築、都市設計規劃、區域規劃、經濟、社會、土木工程、人類行為與心理等均與其相關。而景觀設計則是綜合運用上述各項專門知識，探討大自然和生活環境，從事實質規劃與設計工作，期以創造人類與自然環境之和諧關係，提升人類生活品質為終極目標。

植物醫學系
本著學術理論與實務並重之原則，以培育具植物病蟲害管理、農林作物健康診療、了解國際植物檢疫業務、開發植物診療技術及保護資材能力之植物醫學人才。本學系教學結合傳統植物醫學及生物技術，並融入臨床植物診療經驗，以堅實植物病蟲害診斷鑑定及檢測能力、融合土壤肥力及作物營養診斷技術、了解植物防疫檢疫相關法令為特色，重點在使學生具備作物健康管理知識，透過合理使用植物保護資材，建構作物安全生產體系，並推動植物醫學之國際交流與互惠，強化學生國際植物醫學互動。

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